कई बार उनका नाम विवादों में भी रहा । आज उनके जन्मदिन पर कुछ ऐसे राज खोलते हैं जिस पर उन्होंने कभी खुलकर नहीं बोला। लेकिन दबी जुबान में लोगों के बीच कानाफूसी होती रही। महेश भट्ट के माता-पिता की कभी शादी नहीं हुई। जिसका असर उनकी जिंदगी पर पड़ा। इसी कारण उन्होंने अपनी जिंदगी में भी शादी को ज्यादा अहमियत नहीं दी। महेश की मां मुस्लिम और पिता हिंदू थे। वो हमेशा अपने पिता से दूर रहे।
जब महेश कॉलेज में थे तो उन्हें लोरिएन ब्राइट नाम की एक लड़की से प्यार हो गया। शादी के बाद लोरिएन का नाम बदलकर किरन भट्ट रखा गया। किरन, पूजा भट्ट और राहुल भट्ट की मां हैं। फिल्में बनाने के दौरान उनका अफेयर परवीन बॉबी से हो गया। इससे उनकी पहली शादी में दरार पड़ गई थी। कुछ समय बाद परवीन से भी उनके रिश्ते बिगड़ गए।इसके बाद महेश की जिंदगी में सोनी राजदान आईं। अभी किरन और महेश भट्ट का तलाक नहीं हुआ था लेकिन उन्होंने सोनी से शादी कर ली। इस शादी के लिए महेश ने मुस्लिम धर्म कबूल कर लिया था। फिलहाल महेश मुस्लिम हैं। सोनी, आलिया और शाहीन भट्ट की मां हैं। इतना ही नहीं महेश अपनी बेटी को लेकर भी कंट्रोवर्सी का शिकार हो चुके हैं।
महेश भट्ट ने अपनी बेटी को लेकर कहा था कि अगर पूजा भट्ट उनकी बेटी ना होती तो वो उससे शादी कर लेते। हालांकि यह बयान महेश ने किसी गलत नीयत से नहीं दिया था लेकिन लोगों को उनका बयान नेक ख्याल नहीं लगा और इसकी काफी आलोचना हुई। उन्होंने स्टारडस्ट मैगजीन के लिए पूजा भट्ट के साथ किस करते हुए एक फोटोशूट भी करवाया था जो काफी विवादों में रहा।
विवाद कितने भी रहे हों लेकिन महेश आज भी उन्हें गंभीरता से नहीं लेते। महेश का कहना है कि रिश्ते भावनाओं का जामा पहनते हैं, उन्हें समाज की नजर से देखा नहीं जा सकता। मैं अपनी बेटी में अपनी मां को देख सकता हूं और एक बेहतरीन दोस्त भी